isolasi DNA kromosom bakteri

isolasi DNA kromosom bakteri

berikut merupakan prosedur isolasi DNA kromosom yang biasa dilakukan dalam praktikum genetika di Lab Genetika Fabio Unsud. beserta penjelasannya. for begginer

PEMANENAN SEL

tahap satu ini ditujukan untuk mendapatkan pelet sel yang terpisah dari media pertumbuhannya.

PELEPASAN DNA DARI SEL

# dalam penghomogenan setelah pemberian lisozim, harus sampai larut supaya enzim bekerja merata dan efektif.; setelah diberi fenol dan dibolak-balik seharusnya terdapat lendir jika tutup tube dibuka.; lebih baik semua tahap diatas dilakukan di atas es yang telah diserut, untuk menjaga suhu supaya dingin.

pemberian lisozim akan mencerna dinding sel. SDS dapat melarutkan protein membran dan enzim. EDTA mengikat ion Mg2+ sehingga mendestabilisasi membran (karena ion Mg ada pada protein membran hilang) dan menghambat DNAse. penggunaan pelarut organik akan menggumpalkan DNA (mekanismenya telah dijelaskan pada isolasi plasmid). untuk lebih jelasnya gamar berikut mungkin bisa membantu..

PEMISAHAN DAN PEMEKATAN DNA

penambahan C-I dilakukan dua kali karena protein mungkin masih tersisa pada tube dari pembersihan dengan C-I pertama. prinsip pemekatan DNA kromosom hampir sama dengan pemekatan plasmid (yang sudah ditulis lalu).

penambahan Na Asetat membuat konsentrasi garam tinggi dan single stranded RNA tidak bisa larut pada keadaan tersebut. etamol absolut dingin --> mengendapkan DNA plasmid dan juga untuk membilas dan mencuci plasmid. bagaimana bisa etanol mempresipitasi DNA? : penambahan garam berfungsi sebagai neutralize charge pada gula fosfat DNA. ion-ion seperti kation (Na+ Mg2+) akan menyelimuti rantai DNA yang bermuatan negatif. jika di dalam air, gaya elektrostatik antara ion + (Na+) dan - (DNA) masih lemah karena sebagian rantai DNA masih berikatan dengan air (ingat air memiliki 2 muatan +pada H dan - pada O). atau dapat dikatakan air punya konstanta dielektrik yang tinggi. fungsi penembahan pelarut organik seperti etanol adalah menurunkan konstanta dielektrik tsb. atau memperbanyak ikatan DNA dengan Na+ sehingga membuat DNA lebih mudah terpresipitasi. mungkin ilustrasi di bawah ini dapat membantu membayangkan................

etanol 70% --> membersihkan lagi dan lebih memekatkan DNA.

hasil setelah dielektroforesis.

referensi : referensi utama adalah Klijn et.al.(1991), tapi masih ditambah beberapa sumber dari internet untuk penjelasan mekanismenya (maap lupa webnya :P), saran dosen dan pengalaman. mohon kritik dan sarannya.

http://ekmon-saurus.blogspot.com/2008/11/isolasi-dna-kromosom-bakteri.html